Meskipun memiliki berbagai khasiat kesehatan yang luar biasa, bawang Bombay juga harus dikonsumsi dengan bijak. Terlalu banyak mengonsumsi bawang Bombay dapat menyebabkan efek samping seperti sakit perut, sakit kepala, dan reaksi alergi. Sebaiknya, konsumsi bawang Bombay dengan jumlah yang wajar dan tepat.